Гарифуллин был арестован в мае 2016 г. по подозрению в получении взятки. По версии СК, в качестве благодарности за содействие представителю ЗАО «Ленпромтранспроект» Станиславу Кабанячему в заключении многомиллионного контракта с Росрезервом чиновник получил Porsche Cayenne стоимостью более шести миллионов рублей.
В июне 2016 г. СК показал несметные богатства чиновника ведомства — коллекцию дорогих наручных, охотничьих ружей и материальных ценностей в виде девяти миллионов рублей и 200 тысяч долларов США.
Из банковской ячейки также были изъяты 29 млн рублей, 300 тысяч евро и 300 тысяч долларов США. В ходе выемки в банке из ячейки, арендуемой женой Гарифуллина, изъяты 35 млн рублей и 100 тысяч долларов США. Общая сумма изъятых денежных средств составила 135 млн рублей. При этом годовой доход Гарифуллина исчислялся 558 тысячами рублей.
В начале 2017 г. суд принял решение о конфискации имущества бывшего заместителя руководителя Управления Росрезерва по СФО Илгиза Гарифуллина. По решению суда в пользу государства отошли наличные, недвижимость, парк автомобилей премиум-класса, коллекция часов и охотничьих ружей общей стоимостью 200 млн рублей.